No seu depoimento no Tribunal de Loures, em 2009, Rui Dias afirmou que Mário Machado e mais seis arguidos estavam a ser julgados por associação criminosa, extorsão, sequestro e outros crimes por terem em seu poder documentos de fluxos financeiros que, alegadamente, envolvem familiares do primeiro-ministro cessante, José Sócrates, nos processos Freeport e Cova da Beira.
Rui Dias disse em tribunal que "tem documentos que referem o desvio de 383 milhões de euros", envolvendo "o tio, o primo e a mãe" de José Sócrates, após o qual um dos três elementos do coletivo de juízes decidiu extrair uma certidão, sustentando que houve "denúncia de factos graves".
Mário Machado, que também interveio depois de um juiz do coletivo ter anunciado que iria enviar para a Procuradoria-Geral da República (PGR) a certidão, garantiu na altura que "os documentos estão em dois blocos escondidos em dois sítios diferentes".